К середине XVI века православная церковь уже не воспринималась большинством русинско-украинского нобилитета как ценный карьерный актив, в который стоило инвестировать время и силы, а потому пребывала не в лучшем состоянии.
По мере сближения Польши и Литвы участились «прокси-войны», инициированные польской католической церковью с целью рейдерского захвата активов (прихожан и земель).
Так в 1569 году сторонник львовского католического епископа Станислава Сломовского Иван Лопатка Осталовский пытался вооруженным путем отобрать собор и епископство у православного епископа Гедеона (он же Григорий Балабан). Земли и собор Гедеон сохранил, но всю жизнь ему пришлось отбиваться от нападок такого рода и спасло его только личное вмешательство польского короля.
Навязанная православным Речи Посполитой уния 1596 (суть её была такова: православная церковь сохраняет все свои обряды, но переподчиняется Папе Римскому) встретила неприятие самых авторитетных православных деятелей польской Украины: уже упомянутого львовского епископа Гедеона и его коллеги из Перемышля епискова Михаила (Матвей Копыстенский).
Оба епископа обвиняли епископов помельче в переходе под римскую юрисдикцию без их на то санкции, а короля и нобилетет Польши они упрекали в нарушении условий Варшавской конфедерации 1573 года, согласно которым в королевстве и княжестве гарантировалась свобода вероисповедания.
Так на Украине началась холодная гражданская война между сторонниками и противниками унии. Впрочем, она периодически превращалась в горячую (оба епископа продолжали исполнять свои обязанности даже будучи официально лишенными сана): сторонники обеих партий прибегали к насилию и, к сожалению для православных, у католиков получалось лучше (потому что в процессе отъема земель и крестьян у православных монастырей активно участвовала шляхта).
Униатский митрополит Потий (Ипатий Поцей), кстати, довольно большое число епископов склонил на сторону унии довольно мощным аргументом про то, что противники унии суть османские шпионы: подчинение Константинопольскому патриархату фактически означало духовную зависимость от людей, находящихся под колпаком султана-мусульманина.